قرار گرفتن دروس معارف اسلامی در برنامه آموزشی مقطع کارشناسی کلیه رشته‌های تحصیلی دانشگاهها و مراکز آموزش عالی کشور از جمله اقدامات اساسی شورای عالی انقلاب فرهنگی است که به منظور توسعه و تعمیق باورها و اندیشه‌های دینی و انقلابی و تحوّل مثبت در رفتارهای فردی و اجتماعی نسل جوان دانشگاهی و مقابلة آگاهانه با شبهات و تفکرات التقاطی صورت گرفته است.
نقش بالقوه این دروس در اسلامی شدن مراکز آموزش عالی و منور ساختن فضای آموزشی و پژوهشی نسل جوان دانشگاهی به فروغ ایمان و معنویت، بر صاحب‌نظران دینی و فرهنگی و کارشناسان مسایل دانشگاهی پنهان نمی‌باشد.
دستیابی به این اهداف ارزشمند بیش و پیش از هر مؤلفه دیگر در گرو تأمین و حضور مدرّسان مؤمن، متخصص، متعهد و زمان‌شناس در کرسی تدریس دروس معارف اسلامی می‌باشد. برای تأمین این نیاز اساسی، «دانشگاه معارف اسلامی» تأسیس گردیده است.
۱. ضرورت‌ها
الف‌ـ به علت اهمیت و جایگاه حساس دروس معارف اسلامی در دانشگاهها، مقام معظم رهبری(دام‌ظله‌العالی) همواره بر لزوم توجه بیشتر به این دروس و تربيت مدرسان توانا براي تصدي اين مسئوليت در دانشگاهها تأكيد نموده‌اند. بر اين اساس شوراي عالي انقلاب فرهنگي در سياست‌هاي اجرايي اسلامي شدن دانشگاهها مصوب جلسه ۴۳۳ تاريخ ۱۷/۹/۱۳۷۷ (دربخش مربوط به استاد) در ذيل سياست‌هاي اجرايي راهبرد ۲ بر تقويت و تأسيس مراكزي براي تأمين و تربيت استادان معارف اسلامي و ايجاد تسهيلات لازم براي استخدام و جايابي آنان تأكيد مي كند.
ب‌ـ بر اساس برآورد‌هايي كه توسط معاونت امور اساتيد و دروس معارف اسلامي نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاهها انجام گرفته در هر سال تحصيلي (تا خرداد ماه ۱۳۸۳) بيش از ۰۰۰/۶۰ واحد دروس معارف اسلامي در دانشگاههاي زيرمجموعه وزارت علوم، تحقيقات و فناوري، وزارت بهداشت و درمان آموزش پزشكي و دانشگاه آزاد اسلامي ارايه مي‌گردد.
با توجه به افزايش مستمر تعداد دانشجويان دانشگاهها، كه بر اساس برنامه پنج‌ساله چهارم توسعه، رقم دانشجويان كشور به ۰۰۰/۷۰۰/۳ نفر خواهد رسيد، اين حجم به سرعت در حال افزايش است.
تأمين استاد براي ارايۀ اين حجم از واحدهاي آموزشي تا پنج ساله آينده مستلزم به كارگيري بيش از ۰۰۰/۵ عضو هيأت علمي تمام وقت مي‌باشد كه با همه تلاش‌هاي صورت گرفته در طي سال‌هاي گذشته تاكنون فقط ۵۰۰ عضو هيأت علمي تمام وقت در كليه دانشگاهها جذب و در نتيجه بيشتر واحد درسي معارف اسلامي توسط استادان حق‌التدريس ارايه شده كه به نوبۀ خود موجب كاهش كيفيت و ضعف كارآمدي اين دروس گرديده است. با وجود اين نياز اساسي و گسترده هيچ مركزي متولي تربيت استاد براي تدريس دروس معارف اسلامي نمي‌باشد.
ج‌ـ تجارب به دست آمده در بيش از دو دهه گذشته نشان مي‌دهد كه نقش اصلي در كارآمدي و عرضه مناسب و مؤثر اين دروس بر عهدۀ استادان توانمند، عالم، دين‌شناس، متعهد با انگيزه و آشنا به زمان و نيازها و علايق نسل جوان مي‌باشد. تأمين اين مهم در صورتي امكان‌پذير مي‌گردد كه فضاي مناسب آموزشي، پژوهشي و فرهنگي براي تربيت و پرورش استاداني با اين اوصاف همراه با امكانات ويژه تدارك ديده شود. توجه به اين نكته ضروري است كه فارغ‌التحصيل تحصيلات تكميلي از مراكز حوزوي و دانشگاهي به علت عدم تناسب رشتۀ تخصصي آنان با دروس معارف اسلامي يا به كلي علاقمند به تدريس اين دروس نمي‌باشند و يا از توانايي‌هاي روشي و محتوايي كافي براي اين منظور برخوردار نيستند.
د ـ تغييرات گسترده در عناوين و سرفصل‌هاي دروس معارف اسلامي بر اساس مصوبه جلسه ۵۴۲ مورخ ۲۳/۴/۱۳۸۳ شوراي عالي انقلاب فرهنگي، كه به توسعه كيفي و كمي اين دروس متناسب با نيازهاي فكري و فرهنگي نسل جديد دانشجويي منجر شده اين دروس را به سمت تخصصي‌تر شدن و تنوّع بيشتر متمايل ساخته است. اجراي دقيق و هدفمند اين عناوين و سرفصل‌ها در گروه تربيت و پرورش استادان كارآمد و سرمايه‌گزاري ويژه مي‌باشد.
هـ ـ بسياري از صاحب‌نظران، نخبگان و دلسوزان ديني، فكري و فرهنگي كه از نزديك در جريان اهميت بي‌بديل دروس معارف اسلامي در دانشگاهها، كمبود و مشكلات آن قرار گرفته‌اند بر لزوم اختصاص امكانات مناسب به اين دروس و از جمله تأسيس دانشگاه معارف اسلامي تأكيد مي‌نمايند.
۲. اهداف
الف ـ تربیت و تأمین کادر هیأت علمی گروههای آموزشی معارف اسلامی در دانشگاهها و موسسات آموزش عالی
ب ـ دانش‌افزایی و تقویت بنیة علمی مدرسان معارف اسلامی
ج ـ تقویت مهارت‌های تدریس و تحقیق در مدرسان معارف اسلامی
د ـ فراهم آوردن زمینه لازم جهت تأثیرگذاری بیشتر دروس معارف اسلامی از طریق تربیت استاد، تدوین متن و بررسی سایر عوامل مؤثر در این امر
هـ ـ ارائه روش‌های نوین و مؤثر در ارائه دروس معارف اسلامی
و ـ شناسایی روش‌ها و فنون برقراری رابطه عاطفی و سازنده با محیط دانشجویی و تقویت مدرسان معارف اسلامی در این خصوص
۳. وظایف و اختیارات
الف ـ فراهم نمودن امکانات لازم برای تحقق اهداف فوق
ب ـ برگزاری ودایر نمودن دوره های کارشناسی ارشد و دکتری مدرسی معارف اسلامی، پس از کسب مجوز از شورای گسترش آموزش عالی
ج ـ برنامه ریزی، مدیریت و برگزاری دوره های آموزشی ضمن خدمت برای مدرسان معارف اسلامی (بدون آنکه به اعطای مدرک تحصیلی منجر شود.)
د ـ برگزاری نشست ها و همایش های علمی متناسب با گرایش های علمی و نیازهای مدرسان معارف اسلامی
هـ ـ تحقق، تدوین و تالیف در زمینه متون آموزشی مورد نیاز گروههای آموزشی معارف اسلامی
و ـ سازماندهی، توسعه و تعمیق پژوهشهای مرتبط با دروس معارف اسلامی
۴. ارکان دانشگاه
الف ـ هیأت امنا
ب ـ رئیس دانشگاه
ج ـ شورای دانشگاه
۵. ترکیب هیأت امنا
الف ـ رئیس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها( رئیس هیأت امنا)
ب ـ وزیر علوم،تحقیقات و فناوری یا نماینده وی
ج ـ رئیس سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور یا نماینده وی
د ـ معاون امور اساتید و دروس معارف اسلامی نهادنمایندگی
هـ ـ رئیس دانشگاه (دبیرهیأت امنا)
و ـ دو تن از اعضای هیأت علمی معارف اسلامی به پیشنهاد معاون امور اساتید و دروس معارف اسلامی نهادنمایندگی و تأیید رئیس «نهادنمایندگی»
ز ـ دو تن از شخصیت های علمی – فرهنگی کشور که نقش مؤثری در توسعه و پیشرفت «دانشگاه» داشته باشند.
تبصره: اعضای مذکور در ردیف های ۶ و ۷به پیشنهاد رئیس «نهادنمایندگی» و تأیید و حکم وزیر علوم، تحقیقات وفناوری برای مدت چهار سال منصوب خواهند شد. انتصاب مجدد آنان بلامانع است.
۶. رئیس دانشگاه
رئیس «دانشگاه» که نماینده قانونی دانشگاه در مراجع حقیقی وحقوقی می باشد، از میان اعضای هیات علمی به پیشنهاد رئیس «نهادنمایندگی» و تأیید وزیر علوم، تحقیقات و فناوری و حکم رئیس نهادنمایندگی برای مدت چهارسال منصوب می شود. پیشنهاد و انتصاب مجدد وی بلامانع است و تا زمانی که فرد دیگری به جای وی منصوب نشده باشد همچنان به انجام وظایف و اختیارات قانونی خود ادامه می دهد.
تبصره: پذیرش استعفا یا عزل رئیس دانشگاه باحکم رئیس «نهادنمایندگی» خواهد بود.
۷. ترکیب شورای دانشگاه
الف ـ رئیس دانشگاه (رئیس شورا)
ب ـ معاونان دانشگاه
ج ـ رؤسای دانشکده ها
د ـ دو تن از اعضای هیات علمی هر شورا (شوراهای آموزشی، پژوهشی و تحصیلات تکمیلی) به انتخاب شورای مربوط
هـ ـ دو تن از اعضای هیات علمی که دانشیار یا استاد باشند به انتخاب رئیس دانشگاه
تبصره: افراد مذکور در ردیف های ۴و ۵ باید واجد شرایط مندرج در ماده ۴ آیین نامه مدیریت دانشگاهها و موسسات آموزش عالی مصوب ۱۳۷۰، باشند.